على الرغم من الدراسات التي تتحدث عن الأهمية الطبية لمشروب القهوة، إلا أن شربها بعد وجبات محددة قد يكون له تأثير سلبي على صحة الإنسان.

وتعمل القهوة بعد تناول بعض الأطعمة على التقليل من امتصاص الجسم للعناصر الغذائية الموجودة في هذه الأطعمة، ومن بين الأطعمة التي لا يجب شرب القهوة بعدها، الأطعمة الغنية بالكالسيوم، مثل الخضروات الورقية ومنتجات الألبان حيث يؤدي ذلك إلى حرمان الجسم من الحصول على فوائدها "لأن الكافيين المتوفر بها يعيق عملية امتصاص معدن الكالسيوم ويطرده خارج الجسم مع البول".

ويؤدي نقص الكالسيوم في الجسم إلى جعل العظام أكثر عرضة للكسور والإصابة بالهشاشة، كما يرتفع خطر التعرض لأمراض أخرى.

وكذلك يجب عدم شرب القهوة بعد تناول المحار، إذ تتراجع قدرة الجسم على امتصاص الزنك، إذا شرب الشخص القهوة بعد تناول الأطعمة الغنية به، مثل المحار واللحوم الحمراء والدواجن والبقوليات والمكسرات، لاحتوائها على مادة التانين التي تحرم الجسم أيضا من الحديد الموجود في أطعمة أخرى مثل الكبدة والبازلاء والمكسرات والعدس والحمص.

ولا يفضل كذلك شرب القهوة بعد السالمون والبيض والزبادي، حيث ينقل الموقع عن دراسة منشورة في مجلة "Bone Metabolism" عام 2017، توصلت إلى أن الأشخاص الذين يشربون كمية كبيرة من القهوة يوميًا يحصلون على مستويات منخفضة من فيتامين د عند تناول مصادره الطبيعية، مثل السالمون والبيض والزبادي.