يزعم جيش الاحتلال الإسرائيلي أن أجرى "عشرات التحقيقات الجنائية" في وفاة مواطنين غزيين داخل منشآت اعتقال تابعة للجيش، لكن لم ينته أي تحقيق مزعوم كهذا بتقديم لائحة اتهام، رغم أن غالبية وفيات الغزيين التي زعم الجيش أنه حقق فيها كانت داخل معتقلات عسكرية وتوجد فيها كاميرات مراقبة وشهود كثيرون من الجنود والمعتقلين، لكن الجيش يدعي أنه توجد صعوبات في الأدلة.
وحسب معطيات حصلت عليها جمعية "هَتْسلاحا من أجل مجتمع نزيه" بموجب طلب حرية المعلومات، أنه من بين 57 تحقيقا جنائيا في حالات وفاة 56 معتقلا غزيا ومعتقل واحد لبناني، 7 حالات كانت نتيجة قتل جراء إطلاق نار، ويدعي جيش الاحتلال أنه ليس معلوما متى وقعت حالتين من الحالات السبع، وأنه في معظم التحقيقات لم يتمكن من الوصول إلى مشتبهين في هذه الجرائم.
وفتحت معظم التحقيقات في العام 2024، وسُجل في حينه أعلى عدد من المعتقلين الغزيين، وتم فتح 19 تحقيقا حول حالات وفاة معتقلين في منشآت عسكرية في العام 2023، وبينها 13 حالة وفاة في شهر تشرين الأول/أكتوبر وحده، وثلاثة تحقيقات فُتحت في العام 2025.
ونقلت صحيفة "هآرتس"، الجمعة، عن مصادر قولها إن عددا من المعتقلين توفوا أثناء احتجازهم بعد إحضارهم إلى منشآت وهم مصابون، وتم فتح التحقيق بشأنهم بسبب إجراء عسكري يلزم بإجراء تحقيق أوتوماتيكي بسبب وفاة داخل منشأة عسكرية، وحالات وفاة أخرى كانت نتيجة أمراض أو عدم تقديم علاج طبي ملائم.
وتم إغلاق ملفي التحقيق في مقتل إسرائيليين هما جندي يدعى غور كهاتي وباحق يدعى زئيف إرليخ، في لبنان في تشرين الثاني/نوفمبر العام 2024.
وفتحت شرطة الاحتلال العسكرية 19 تحقيقا على خلفية ضرب واستخدام "القوة بشكل غير قانوني"، وقدمت النيابة العسكرية لائحتي اتهام فقط بشأنها، واحدة ضد سائق شاحنة يدعى يسرائيل حجبي، الذي نقل معتقلين إلى منشأة الاعتقال في قاعدة "سديه تيمان"، وحكم عليه بالسجن لمدة ستة أشهر، ولائحة الاتهام الأخرى ضد جندي في "القوة 100" بعد أن اعتدى على معتقل غزي، لكن الملف ضده أغلِق بسبب "ضغط جماهيري وإخفاقات في التحقيق" بادعاء الإفراج عن المعتقل الغزي قبل الاستماع لإفادته في المحكمة.
ولم تقدم لوائح اتهام ضد جنود في أعقاب تحقيقات حول أعمال نهب نفذتها قوات الاحتلال في غزة ولبنان، وتم تقديم لائحة اتهام واحدة فقط حتى الآن، وانتهت بإدانة جندي بالسرقة في إطار صفقة مع النيابة. وفي هذه القضية أدين الجندي بسرقة المال من منزل في غزة وحاول إيداعه في البنك، واتضح أن الأوراق المالية مزورة.
وتم تقديم لائحة اتهام أخرى ضد جندي سرق ثلاثة دراجات نارية من قطاع غزة، وفي الحالات التي سرق فيها جنود أدوات كهربائية، مثل الجنود أمام محكمة آداب.
ووفقا للصحيفة، فإن معطيات النيابة العسكرية تشير إلى أن معظم لوائح الاتهام التي قُدمت في سياق الحرب كانت تتعلق بالتجارة بالأسلحة، وخاصة بنادق وذخيرة استخدمت في ميدان القتال، ومعظم لوائح الاتهام التي قُدمت في العام 2025 كانت تتعلق بمخالفات أمن المعلومات والحراسة وبمحاولات جهات إيرانية التواصل مع جنود.